L’administration fiscale peut contrôler les déclarations et les actes utilisés pour établir les impôts dus par une entreprise. Pour cela, elle dispose de divers moyens d’action. Les services des impôts peuvent, par exemple, depuis leur bureau, procéder à un examen des déclarations souscrites par une entreprise à l’aide des renseignements et documents figurant dans leur dossier. Outre ce contrôle sur pièces, ils ont aussi la faculté de demander la communication de documents et de renseignements auprès de tiers ou de l’entreprise elle-même. Mais l’administration peut aussi effectuer des investigations plus approfondies, directement dans les locaux de l’entreprise. Elle engage alors une vérification de comptabilité. Étant précisé que ces modalités de contrôle ne sont pas exclusives les unes des autres. Et qu’une vérification de comptabilité peut déclencher un examen de la situation fiscale personnelle de l’exploitant.

Pour contrôler les entreprises, le fisc recourt très largement à la vérification de comptabilité. Une procédure qui lui permet de s’assurer de la régularité des écritures comptables en les confrontant aux déclarations de l’entreprise. Son champ d’application est étendu puisqu’elle peut notamment être opérée en matière de bénéfices industriels et commerciaux, de bénéfices non commerciaux, de bénéfices agricoles réels, d’impôt sur les sociétés et de TVA.

En pratique, l’entreprise doit être informée, au moins 2 jours à l’avance, de la date de début du contrôle par l’envoi, en lettre recommandée avec accusé de réception, d’un avis de vérification indiquant, entre autres mentions, et sous peine de nullité de la procédure, les années vérifiées et le droit à l’assistance d’un conseil. L’entreprise doit donc s’assurer que ce délai soit respecté et que ces mentions figurent bien dans son avis de vérification. Étant précisé que la durée de la vérification sur place ne peut pas excéder 3 mois pour les petites entreprises (CA < 783 000 € pour les activités de vente, CA < 236 000 € pour la plupart des prestataires de services).

Lors du contrôle, l’entreprise est tenue de présenter, à la demande du vérificateur, tous les livres et documents comptables qu’elle a l’obligation de tenir pour justifier ses déclarations. Le vérificateur peut alors prendre copie des documents consultés. Et attention, en cas d’opposition, l’entreprise encourt une amende de 1 500 € par document, dans une limite globale de 10 000 €. Les entreprises tenant une comptabilité informatisée doivent, en plus, remettre sur demande une copie dématérialisée du fichier des écritures comptables (FEC) au début des opérations de contrôle. À défaut de présentation sous forme dématérialisée, une amende de 5 000 € ou une majoration de 10 % des redressements (qui ne peut être inférieure à 5 000 €) s’applique. Le refus de transmettre les documents comptables dématérialisés entraînant, quant à lui, une taxation d’office pour opposition à contrôle fiscal !

À savoir : l’administration peut procéder à un contrôle dans les locaux de l’entreprise, sans l’avoir avertie au préalable. Ce contrôle fiscal inopiné se limite toutefois à des opérations de constatation (éléments physiques de l’exploitation, présence et état des documents comptables) et à la prise de copies de fichiers informatiques. Dans ce cas, l’avis de vérification est remis en mains propres à l’entreprise au début des opérations de constatation.

À l’issue des opérations de contrôle, pour rectifier les éventuelles anomalies qu’elle a constatées, l’administration doit en principe notifier à l’entreprise, par lettre recommandée avec accusé de réception, une proposition de rectification. Notification qui doit intervenir avant l’expiration du délai d’action de l’administration. Ce délai étant en général de 3 ans.

Sous peine de nullité, la proposition de rectification doit préciser, en particulier, le droit à l’assistance d’un conseil et le délai de réponse dont dispose l’entreprise. Lorsque cette proposition fait suite à une vérification de comptabilité, les conséquences financières des rectifications doivent également être indiquées. De plus, le fisc doit motiver la rectification envisagée, c’est-à-dire qu’il doit préciser la règle de droit applicable et les faits qui s’y rattachent.

À noter : la proposition de rectification fixe les limites du redressement puisque l’administration ne peut pas mettre en recouvrement des impositions établies sur des bases plus élevées que celles initialement notifiées.

À compter de la réception de la proposition de rectification, l’entreprise dispose d’un délai de 30 jours pour répondre, prorogeable de 30 autres jours si elle le demande dans le délai initial. Pour contester les rehaussements proposés, elle doit formuler ses observations par écrit et les signer. Et attention, son silence ou une réponse hors délai vaudra acceptation tacite de ces rehaussements.

L’administration doit ensuite répondre aux observations de l’entreprise, sans que, malheureusement, aucun délai ne lui soit imposé pour le faire. Elle peut toutefois être tenue de répondre sous 60 jours, notamment lorsque la proposition de rectification fait suite à une vérification à l’encontre d’une PME (CA < 1 526 000 € pour les activités de vente, CA < 460 000 € pour la plupart des prestataires de services). Si elle ne répond pas dans ce délai, elle est censée avoir accepté les observations, ce qui emporte abandon des rectifications. Si elle décide de rejeter les observations, elle doit, dans tous les cas, motiver sa décision.

La réponse de l’administration doit mentionner la faculté pour l’entreprise de saisir, dans les 30 jours, la commission départementale des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires si cette réponse ne la satisfait pas. La compétence de cette commission se limite toutefois aux questions de fait et concerne principalement l’impôt sur le revenu (BIC, BNC, BA), l’impôt sur les sociétés et la TVA. L’avis rendu par la commission ne s’impose ensuite ni à l’entreprise ni à l’administration, mais il peut être utile devant les tribunaux, les magistrats n’étant pas insensibles aux positions prises par la commission.

En cas de désaccord au cours de la vérification de comptabilité ou sur les rectifications envisagées à l’issue de cette vérification, l’entreprise peut également saisir les supérieurs hiérarchiques du vérificateur afin de leur exposer ses arguments.

Une fois ces étapes terminées, l’administration peut mettre en recouvrement les impositions supplémentaires relatives aux rehaussements maintenus. À ce stade, si l’entreprise souhaite poursuivre sa contestation, elle doit d’abord présenter une réclamation contentieuse à l’administration, au plus tard le 31 décembre de la 3e année suivant celle de la notification de la proposition de rectification. L’administration dispose alors, en principe, de 6 mois pour répondre. Au-delà, elle est censée avoir tacitement rejeté la demande.

Lorsque l’administration rejette la réclamation, l’entreprise peut, dans un délai de 2 mois, saisir le juge administratif afin qu’il tranche définitivement le litige.